Estudió con el músico Josep Abarcat y probablemente hacia 1883 entró a estudiar en el Conservatorio del Liceo. Conoció a Antoni Nicolau (1858-1933), también músico, quien influyó mucho en su formación.

Al finalizar sus estudios empezó a trabajar como profesor de piano en el propio Conservatorio y, unos años después, en la Escuela Municipal de Música de Barcelona. Joan Lamote recibió un merecido reconocimiento por su carrera como concertista y también como compositor de lied y de música instrumental.

Fue director de la Asociación Musical de Barcelona desde 1902, y, como director de la orquesta, amplió su repertorio de música clásica. En 1910 fundó la Orquesta Sinfónica de Barcelona y consiguió un gran reconocimiento tanto en España como en Alemania. Paralelamente, en 1914, tras haber dirigido sus propias obras con orquestas de Berlín, fue nombrado director de la Banda Municipal de Barcelona, que remodeló totalmente y a la que dio fama internacional. En 1917 fue nombrado director del Conservatorio del Liceo. Al final de su trayectoria, en 1942, se trasladó a Valencia, donde fundó y dirigió la Orquesta Municipal.